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Concepts et méthodes en phylogénie moléculaire


Guy PERRIERE

Je suis Directeur de Recherche au CNRS depuis 2004 et mon unité de rattachement est le laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive (UMR CNRS 5558), à l’Université
Claude Bernard – Lyon 1. Depuis mon recrutement au CNRS en 1992, mes recherches portent sur l’étude de la structure et de l’évolution des génomes bactériens au moyen des outils de la bioinformatique. Mon activité est donc par essence pluridisciplinaire, puisqu’elle implique la maîtrise de concepts en biologie, mais aussi en informatique et en statistiques.
Parmi les différentes responsabilités que j’ai ou que je suis en train d’exercer figurent :
• La présidence de la SFBI (Société Française de Bioinformatique –
http://www.sfbi.fr/) (2006-2010).
• La direction scientifique du PRABI (Pôle Rhône-Alpes de Bioinformatique –
http://www.prabi.fr/), l’un des six grands centres nationaux membres du ReNaBi
(Réseau National des plates-formes en Bioinformatique) (2010-…).
• Enfin, je suis le représentant français pour le ReNaBi au niveau du réseau
EMBnet (European Molecular Biology network – http://www.embnet.org/) (2007-
…)


Céline BROCHIER-ARMANET

J’ai été nommée Professeur à l’Université Lyon en 2011. Auparavant j’occupais un poste de Maître de conférence à l’Université d’Aix-Marseille. Mon laboratoire de rattachement actuel est le laboratoire de biométrie et de biologie évolutive (UMR CNRS 5558).
Depuis mon recrutement en 2003 en tant qu’enseignant- chercheur porte sur l’étude de l’évolution ancienne et des méthodes de phylogénie moléculaires. Plus précisément j’essaie de retracer les principales étapes évolutives qui ont conduit à l’émergence des types cellulaires actuels.(i.e. Archaea, Bacteria,Eucarya) et de retrouver les relations des parentés qui les unissent.
Je suis également très impliquée dans l’enseignement à tous les niveaux du cycle universitaire (L ,M,D), mais également au niveau d’écoles thématiques et de la formation permanente du C NRS.
J’ai également exercé différentes responsabilités scientifiques (responsable d’une équipe ATIP du CNRS) et administratives (responsable de la commission d’enseignement de l’UFR Sciences de la vie, de la terre et de l’environnement à l’Université d’Aix-Marseille)




La phylogénie moléculaire a pour objet d'analyser des séquences d'ADN ou de protéines afin d'évaluer les relations de parenté entre les différents gènes et ainsi de reconstituer leur arbre phylogénétique. Le développement important de cette discipline est lié à la multiplication des séquences disponibles, à l'évolution des ordinateurs, et au développement d'algorithmes de plus en plus efficaces. C'est sur ce dernier point que se concentre cet ouvrage, divisé en sept chapitres. Un premier chapitre rappelle quelques bases élémentaires de biologie, d'analyse des séquences et introduit la notion d'arbre pour l'analyse phylogénétique. Le deuxième chapitre présente les différents modèles d'évolution moléculaire à partir desquels sont développées les méthodes algorithmiques pour construire ces arbres d'évolution à partir de l'analyse des séquences. Les 4 chapitres suivants présentent les 4 grandes méthodes algorithmiques utilisées dans ce domaine, à savoir le maximum de parcimonie, les méthodes de distances, le maximum de vraisemblance, ainsi que la méthode la plus récente utilisant l'approche bayésienne. Dans la description de chacune de ces méthodes, une analyse critique des limitations est faite, permettant de mieux cerner les conditions dans lesquelles il sera opportun de les utiliser. Enfin, un dernier chapitre est consacré aux méthodes d'évaluation et de robustesse des phylogénies. Il est extrêmement important qu'une telle approche critique, ainsi que l'analyse de robustesse des arbres qui peuvent être obtenus par les méthodes décrites précédemment, conclut un ouvrage à vocation pédagogique afin de bien cerner les limites du modèle d'arbre qui peut être obtenu. L'ouvrage est présenté de façon très claire et didactique. L'un de ses points forts est d'aborder l'ensemble des méthodes utilisées dans le domaine, y compris les plus récentes qui ne figurent pas encore dans d’autres ouvrages en français. Un autre point fort est que cet ouvrage ne se contente pas de décrire les différentes méthodes, mais en fait une analyse critique et apporte dans son dernier chapitre les méthodes pour évaluer la validité des modèles qui sont obtenus.
C’est l’un des rares ouvrages traitant de phylogénie écrits en français.
Le livre de Perrière et Brochier-Armanet deviendra vite l’ouvrage de référence pour l’enseignement ou l’apprentissage des concepts et méthodes phylogénétiques.


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