André Musy obtient en 1970 son diplôme d’ingénieur EPFL en génie rural et géomètre, suivi d’une maîtrise, d’un doctorat et d’une post-formation aux Etats-Unis puis revient à l’EPFL en qualité de chef de travaux. Durant 5 ans, il dirige des projets en hydrologie en Afrique de l’Ouest et retourne en 1983 à l’EPFL à titre de professeur, titulaire de la chaire de génie rural, directeur du laboratoire Hydrologie et Aménagements et de l’Institut des Sciences et Technologies de l’Environnement. Dès septembre 2005, il dirige le consortium Ouranos sur les changements climatiques au Canada.